Я рекомендую использовать следующую оценочную шкалу, чтобы понимать, с чем мы имеем дело.
Первый раз — случайность.
Второй раз — тенденция.
Третий раз — закономерность.
Четвертый раз — традиция.
Считаю, что за первый проступок наказывать не нужно. Никто не совершенен, и даже самый организованный человек может опоздать. Со всяким бывает. А вот уже второй случай заслуживает наказания. У вас может возникнуть резонный вопрос: нужно ли вести «черную книгу»? А если этот самый организованный человек опоздает через пять лет еще раз, зачесть и первый случай? Думаю, что это было бы неправильно. А какой срок уместен для «списания» прошлого проступка? Мне кажется уместным диапазон от месяца до квартала, по вашему выбору.